مافین و کاپ کیک ظاهری بسیار شبیه به هم دارند و ممکن است افراد این دو شیرینی را با هم اشتباه ‌بگیرند. و بدون آن که تفاوتشان را بدانند طرفدار هر دوی آن‌ها هستند. در واقع مافین جزء نان ها محسوب می شود که در سایز کوچک تهیه شده و نیازی به خمیر مایه و استراحت جهت ورآومدن نداشته و با کمک جوش شیرین یا بیکینگ پودر حجیم می‌شود و در بسیاری از کشورها به همراه صبحانه یا عصرانه سرو می‌شود. اما کاپ کیک ها در واقع یک کیک تولد مینیاتوری می باشد که معمولاً در قالب‌های گرد و فنجانی شکل پخته و روی آن اغلب تزئینات خامه‌ای، وانیلی، شکلاتی، کره‌ای و… قرار داده می‌شود. از طرفی مواد اولیه مافین و کاپ کیک شبیه به هم بوده و در هر دوی آن‌ها از آرد، تخم مرغ، کره، شکر و شیر استفاده می‌شود. البته، مافین ها را گاهی با آرد گندم، آرد جو و یا حتی انواع مختلف آرد تهیه می‌کنند.

1. مافین ها بیشتر شبیه نان هستند و کمی سنگین ‌تر بوده و انسجام بیشتری دارند، اما کاپ کیک ها شبیه به کیک بوده و نسبت به مافین ها سبکتر هستند و چون در پخت کاپ کیک از تکنیک های هوادهی (کریمینگ یا زدن سفیده) استفاده و آرد به آرامی به مواد اضافه می شود، بافت آن حالت اسفنجی تری دارد.
2. از آنجایی که مافین در دمای بالاتری از کاپ کیک پخته می‌شود، در نتیجه باعث می‌شود روی سطح مافین حالت برشته، خشک و تَرک خورده پیدا کند. در واقع بافت سطح مافین مانند نان با بافت داخل متفاوت است، در حالی که کاپ کیک دارای بافت یکدستی می‌باشد.
3. میزان استفاده شکر، چربی (کره یا روغن) و تخم مرغ در پخت کاپ کیک بیشتر از مافین می‌باشد و به طور کلی مافین ها پر آردتر، کم شیرین‌تر و سالم تر هستند.
4. در مافین ها از هیچ گونه روکشی استفاده نمی‌شود در حالی که در کاپ کیک ها به طور معمول، از روکش و لایه‌ی خامه ای برای تزئین استفاده می‌شود.
5. مایه کاپ کیک نرم تر و روان تر است. از طرفی مایه مافین غلیظ تر بوده و به اندازه مایه کاپ کیک نرم و روان نیست. به همین خاطر بافت مافین بعد از پخت متراکم تر است.
6. معمولا در دستور پخت مافین مواد خشک و تر به صورت جداگانه مخلوط شده و در انتها مواد تر به مواد خشک اضافه می‌شوند.